عوارض اسکلروتراپی نادر است ولی بااین‌حال احتیاط‌های لازم برای پیشگیری از بروز عوارض به عمل می‌آید و اسکلروتراپی برای افرادی که احتمال دارد دچار عوارض شوند انجام نمی‌گیرد. به‌علاوه عوارض اسکلروتراپی اغلب موقتی هستند و برطرف می‌شوند .
هاله تیره رنگ در محل اسکلروتراپی
پس از انجام اسکلروتراپی ممکن است هاله‌ای تیره در محل تزریق به وجود آید که در واقع نوعی واکنش بدن به ماده تزریقی است تیرگی پوست در ۳۰-۹% از افرادی که تزریق می‌شوند به درجاتی دیده می‌شود.
در مورد افراد سبزه و افرادی که موهای تیره دارند معمولاً تیرگی پوست بیشتر دیده می‌شود. شایان‌ذکر است تغییر رنگ به ملانین پوست ارتباط ندارد و بیشتر به هموسیدرین مربوط می‌شود و بین ۱۲-۶ ماه زمان می‌برد تا کاملاً از بین برود.
سفتی و تیرگی مسیر رگ
در داخل مسیر رگ ممکن است احساس سفتی و تیرگی داشته باشید که بیشتر از اینکه عارضه محسوب شود نشانه‌ای از نتیجه‌بخش بودن اسکلروتراپی است. معمولاً در جلسات تکمیلی این سفتی و حالت توده مانند داخل رگ برطرف می‌شود.
اختلال در بینایی
اختلال در دید ممکن است بلافاصله پس از اسکلروتراپی ایجاد شود که در این افراد مجدداً اسکلروتراپی نباید انجام شود.
تشکیل شبکه مویرگی جدید
گاهی بدن در واکنش دفاعی در مقابل از بین رفتن رگ‌ها شروع به ایجاد شبکه مویرگی در اطراف محل تزریق می‌کند. معمولاً در صورت گزارش این عارضه اسکلروتراپی دیگر انجام نمی‌شود و از روش‌های جای‌گزین مثل لیزر واریس سطحی برای درمان رگ‌های عنکبوتی استفاده می شود.
کبودی و قرمزی پوست
بروز کبودی و تورم در محل تزریق طبیعی بوده و در طی یک تا چند هفته پس از تزریق از بین می‌رود. معمولاً نتایج هر جلسه تزریق بعد از ۳ هفته قابل ارزیابی است و اثر ماده اسکلروزان به‌صورت تدریجی و در طی چند هفته کاملاً نمودار می‌شود. بروز خارش و سوزش در محل تزریق از جمله عوارضی است که در روزهای اول پس از تزریق ممکن است بروز کند. قرمزی، حساسیت پوستی و کهیر پس از اسکلروتراپی احتمال دارد بروز کند.
عوارض نادر ولی خطرناک در اسکلروتراپی
عوارضی که به‌ندرت گزارش می‌شود اما خطرناک هستند. از جمله شوک آنافیلاکسی است که شامل بر حساسیت تنفسی با علایمی همچون تنگی نفس و سرفه هستند و در کمتر از ۶/۰ درصد از افراد تحت درمان بروز می‌کنند. ترومبوز وریدی، سکته مغزی، نکروز بافتی و آسیب عصبی نیز از دیگر عوارض نادر این روش درمانی هستند.
اسکلروترپی برای چه افرادی انجام نمی‌شود؟
با وجود بی‌خطر بودن اسکلروتراپی، بایستی در برخی موارد جانب احتیاط رعایت شود و انجام نشود.

• در دوران بارداری و شیردهی نباید اسکلروتراپی انجام شود. بسیاری از رگ‌های عنکبوتی و واریسی ایجاد شده در دوران بارداری به‌مرور ظرف ۳ ماه پس از بارداری از بین می‌روند و به حالت طبیعی خود برمی‌گردند.


• در افرادی که سابقه لخته خون داشته‌اند بایستی این موارد را با پزشک خود در میان بگذارند.


• درصورتی‌که در حال حاضر داروی رقیق‌کننده خون مثل وارفارین، زالربان و… میل می‌کنید بایستی به پزشک معالجتان اطلاع دهید.


• در افراد با زمینه بیماری آسم و آلرژی و مشکلات تنفسی احتیاط لازم صورت می‌گیرد و معمولاً اسکلروتراپی برای این افراد انجام نمی‌شود.


• در افراد با بیماری آرتریت روماتوئید، بیماری‌های اتو ایمن مثل لوپوس بهتر است اسکلروتراپی انجام نشود.


• در افراد با سابقه بیماری قلبی، سن بالای ۶۰ سال، سرطان هم معمولاً اسکلروتراپی انجام نمی‌شود.


• در افراد با سابقه سر دردهای میگرن هم بهتر است اسکلروتراپی انجام نشود ممکن است باعث تشدید علائم میگرن شود.